En juillet 2011 l'Agence européenne du médicament (EMA) avait conclu que la balance bénéfice/risque du Pandemrix restait positive mais qu'en raison de de rares cas survenus chez des personnes jeunes, le vaccin ne devait être utilisé qu'en l'absence d'autres vaccins disponibles.
Les vaccins pandémiques dont le Pandemrix ne sont plus commercialisés en France depuis la fin de la pandémie.